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Un nuevo método logra extraer de un colgante el ADN de la mujer que lo llevó hace 20.000 años

Este sistema para obtener material genético permite vincular objetos arqueológicos con las personas que los tocaron

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El colgante, hecho de un diente de ciervo, antes y después de la técnica de limpieza. Tras el lavado con fosfato sódico, ADN humano y del animal se quedó en la solución sin dañar la pieza.
INSTITUTO MAX PLANCK DE ANTROPOLOGÍA EVOLUTIVA

Para los forenses, los objetos personales hallados en la escena de un crimen son claves porque pueden contener ADN que identifique a la víctima e incluso al asesino. Pero no es fácil recuperar material genético de hace 20.000 años y menos de una cosa que llevó alguien pegada a su cuerpo. Primero, porque la mayoría de las creaciones humanas, como la ropa, se han perdido en el tiempo. Segundo, porque los artefactos que se conservan son tan valiosos que no se pueden usar con ellos las técnicas de extracción de ADN, la mayoría agresivas, porque podrían ponerlos en peligro. Pero ahora, científicos alemanes han descubierto que se puede recuperar información genética de un colgante perteneciente a la persona que lo llevaba con solo lavarlo.

El colgante en cuestión fue descubierto por arqueólogos rusos en una de las cuevas de Denísova, en Siberia. Esta es la región donde vivieron los denisovanos, una especie de homínido que debió convivir con los ancestros de los humanos actuales y los neandertales (hay quienes sostienen que eran neandertales del este). En 2019, en una de las cuevas se descubrió el diente de un animal tallado y agujereado. Los investigadores tenían ante sí un adorno hecho probablemente de un ciervo que, por el estrato en el que lo hallaron, debió llevar alguien hace entre 20.000 y 30.000 años, es decir, cuando los denisovanos y los neandertales ya habían desaparecido en esta parte del mundo. Pero no pudieron indagar más allá y la cosa se quedó ahí, en una creación humana más para la colección. Sin embargo, en 2021, investigadores del Instituto Max Planck de Antropología Evolutiva publicaron un nuevo método para extraer y aislar ADN de huesos y dientes que no los destruye. En esta ocasión, casi importa menos el colgante que la nueva técnica para su análisis genético.

Elena Essel, investigadora del Max Planck, participó en el desarrollo de esa técnica. “Para muestras de huesos y dientes, lo habitual es perforar un pequeño orificio en la muestra para recoger el polvo de hueso. Este polvo se usa luego para la extracción de ADN”, explica. Pero cuando se trabaja con artefactos confeccionados a partir de huesos y dientes, “en muchos casos no se puede hacer el muestreo destructivo, ya que arruinaría información valiosa que puede proporcionar la superficie de estos objetos”, añade.

Essel indica que la estructura de la superficie puede dar una idea de cómo se fabricaron y utilizaron estos objetos. Y añade: “Estos conocimientos son fundamentales para nuestra comprensión de las estrategias, el comportamiento y la cultura de subsistencia humana en el Pleistoceno. Por lo tanto, es crucial preservar la integridad de los artefactos durante la extracción. Así que nos propusimos desarrollar una técnica de extracción de ADN no destructiva”, completa.

Soluciones químicas y guantes

Tras ensayar el lavado con varias soluciones químicas en distintos objetos, encontraron que el fosfato sódico extraía el ADN sin dañarlos. Antes de probarlo con el colgante, lo usaron para reanalizar una serie de objetos de huesos de hace miles de años y recuperados el siglo pasado. Lograron extraer gran cantidad de restos genéticos, pero todo el ADN que identificaron era del propio animal o de humanos actuales: las muestras estaban contaminadas. Así que lo probaron con otros artefactos descubiertos en los últimos años, cuando ya los arqueólogos trabajan equipados como forenses, con guantes, gorros y mascarillas para evitar que sus manos, su sudor o incluso su aliento contamine algo que ha permanecido intacto durante milenios.

Tal y como detallan Essel y sus colegas en la revista científica Nature, usaron su nuevo método con cuatro colgantes de hueso que habían sido excavados con mucho mimo intentando evitar la contaminación. “En comparación con otras soluciones, el fosfato no disuelve la matriz ósea para liberar el ADN en la solución”, explica Essel. Lo que hace este compuesto es prestarle su fosfato al hueso y al agregar fosfato libre, les permite “liberar el ADN de la matriz ósea sin involucionar el hueso mismo”, termina la científica alemana.

Interpretación artística del colgante con un cordón de ADN.
Interpretación artística del colgante con un cordón de ADN.MYRTHE LUCAS

Tres de los colgantes analizados eran de la cueva de Bacho Kiro, en Bulgaria, y el otro era el de la cueva de Denísova. Los primeros son relevantes porque en Bacho Kiro se encontraron uno de los restos más antiguos de Homo sapiens en Europa. Las cuatro muestras fueron sumergidas en una solución con fosfato sódico y lavadas a diferentes temperaturas. Esto permitió obtener ADN de las cuatro. Dos de los colgantes de la cueva búlgara eran de algún tipo de oso ya extinguido y la otra de un bóvido. En cuanto al colgante denisovano, estaba hecho de un diente de un wapití, una especie de ciervo.

Pero el objetivo de las científicas era encontrar ADN humano. Lo lograron en uno de los colgantes búlgaros, pero en una proporción y concentración que impedía saber mucho más. Tuvieron más suerte con el adorno ruso: había suficiente material genético exógeno que se había colado en el diente. Tanto los huesos como los dientes son porosos y, más importante aún, contienen hidroxiapatita. Este compuesto, que por ejemplo forma parte del esmalte de los dientes, es básicamente calcio. Está presente en la matriz ósea y absorbe el ADN extraño como si fuera el propio. Así que las células de las manos que lo hicieron o del cuello que lo portó (o incluso de su sudor) se colaron dentro del colgante y toda su información genética ha sido recuperada ahora.

De su análisis genético, los científicos han podido inferir que se trataba de una mujer sapiens, como los humanos modernos, y no una denisovana. Debió vivir en aquella cueva hace entre 18.500 y 25.000 años, La datación entre el ADN animal y el humano del colgante, que difiere en unos milenios, no permite afinar más. Para hacerlo habría que usar la técnica del carbono-14, que es muy destructiva. La genética de la mujer encaja con la de otros restos humanos encontrados en Siberia, aunque al compararla con las poblaciones actuales, a quien más se asemeja es a los indios americanos. Esto tiene lógica, ya que desde Siberia partirían poco después los primeros humanos modernos que colonizaron América.

“Hace 20.000 años, una mujer usó este diente perforado y su sudor entró en el colgante. 20.000 años después, liberamos el ADN de esta antigua mujer”

Marie Soressi, arqueóloga de Universidad de Leiden, Países Bajos

“Está emparentada con una población local de la época y miembros de esta población se trasladaron a América del Norte”, dice la arqueóloga experta en evolución humana de la Universidad de Leiden (Países Bajos) y coautora de esta investigación, Marie Soressi. Para ella, sin embargo, lo relevante de este trabajo es que se trata de “la primera extracción de ADN humano antiguo de un objeto de la Edad de Piedra”. Soressi destaca la relevancia del método sobre el análisis genético en sí: “Hace 20.000 años, una mujer en Siberia usó este diente perforado y su sudor entró en el colgante, la hidroxiapatita del diente se unió con su ADN y lo conservó en el colgante. 20.000 años después, liberamos el ADN de esta antigua mujer de su unión con la hidroxiapatita del diente del ciervo, elevando la temperatura y usando un líquido de fosfato de sodio que tiene una altísima capacidad de atracción y unión con las moléculas de ADN”, detalla.

La científica Elena Essel, una de las que han diseñado la nueva técnica de extracción de ADN, trabaja con la pieza arqueológica. El manejo se hace con extremo cuidado para no contaminarla con su propio ADN.
La científica Elena Essel, una de las que han diseñado la nueva técnica de extracción de ADN, trabaja con la pieza arqueológica. El manejo se hace con extremo cuidado para no contaminarla con su propio ADN.INSTITUTO MAX PLANCK DE ANTROPOLOGÍA EVOLUTIVA

Hay muchos restos humanos del Paleolítico y también muchos objetos. El problema es vincularlos. Lo explica Soressi: “Excavamos sitios con una gran cantidad de objetos, herramientas de piedra, de hueso, restos de fauna y, en ocasiones, adornos personales… Pero la resolución temporal es muy baja: a menudo decenas de años, a veces cientos o incluso miles de años colapsados en una capa arqueológica. Aplicando la misma resolución de tiempo al presente, confundiríamos objetos de la época medieval con los del siglo XXI. Una pregunta tan simple como si objetos específicos (por ejemplo, objetos para trabajar la piel) fueron usados por hombres o mujeres no puede ser contestada”. Para la investigadora, esta nueva técnica “abre enormes oportunidades para reconstruir mejor el papel de los individuos en el pasado según su sexo y ascendencia”.

El profesor Matthias Meyer, colega de Essel en el Instituto Max Planck, destaca esta recuperación de ADN humano de un objeto usado por una persona. “Actualmente, solo hay formas indirectas de vincular personas con objetos, por ejemplo, si se encuentran huesos humanos en la misma capa arqueológica”, dice. Pero esta investigación lo puede cambiar todo: “Sabiendo que los objetos en sí mismos pueden preservar el ADN humano, ahora podemos asignar objetos no solo a grupos de personas sino a individuos específicos. Con esto podemos saber si los colgantes y otros adornos fueron usados por hombres, mujeres o ambos”, añade. También esperan que el método funcione con herramientas de hueso y en los casos en que diferentes grupos, como los neandertales y los humanos modernos, habitaron el mismo lugar, “podríamos determinar qué objetos fueron utilizados por qué grupo”, termina.

El genetista Carles Lalueza-Fox es uno de los mayores expertos en ADN antiguo y fue revisor de esta investigación antes de su publicación. Sobre el alcance del método y la posibilidad de aplicarlo a otros restos del pasado dice: “Se publican muchos métodos que después no se emplean más allá de sus proponentes, bien porque solo se han reportado resultados positivos o bien porque no hay muchos especímenes donde aplicarlos”. Pero sí cree que podría usarse en objetos parecidos, “por ejemplo para determinar si hombres y mujeres empleaban adornos corporales, pero el entorno de la cueva de Denísova parece ser muy especial para la conservación del ADN; ya veremos si se puede aplicar a otros yacimientos y bajo qué circunstancias”, concluye el científico del Instituto de Biología Evolutiva (UPF-CSIC).

Fuente: El País/Miguel Ángel Criado.

Qué es el holobionte y por qué puede cambiar nuestra forma de entender el mundo

Una entidad formada por la asociación de diferentes especies que se transforman en una unidad ecológica muestra la importancia de la simbiosis en nuestra salud y el planeta, y lleva a algunos expertos a cuestionar la existencia del individuo

En la naturaleza reina la competencia y el más fuerte sobrevive. O al menos eso hemos escuchado con frecuencia. Sin embargo, el planeta es mucho más complicado que eso, pues los terrícolas nos relacionamos con otras especies a niveles que, muchas veces, no sospechamos. Como dijeron alguna vez Lynn Margulis y Dorion Sagan, para comprender la verdadera complejidad de la vida se debe entender cómo los organismos se unen de formas nuevas y fascinantes.

De eso trata justamente el holobionte, un concepto que se refiere a una entidad formada por la asociación de diferentes especies que se transforman en una unidad ecológica. En otras palabras, cuando un animal o planta (anfitrión) vive en simbiosis con los microorganismos que hospeda (huéspedes o simbiontes), es un holobionte. Algo así como un conjunto de seres fusionados o un complejo multi-especie.

Scott F. Gilbert, biólogo evolutivo del desarrollo, profesor emérito de la cátedra Howard A. Schneiderman en el Swarthmore College y profesor emérito y distinguido en la Universidad de Helsinki, lo explica así: “Todos los organismos parecen ser holobiontes, y nosotros estamos compuestos no solo de las células derivadas del cigoto, sino también de bacterias, hongos y virus simbióticos. Cada animal es un bioma, un conjunto de ecosistemas interactivos. Además, estos microbios simbióticos no solo viajan con nosotros. Ayudan a crear nuestros cuerpos, regulan nuestros procesos metabólicos y generan nuestras capacidades inmunitarias. Esto tiene muchas implicaciones para nuestra forma de ver la vida”.

«Todos los organismos parecen ser holobiontes, y nosotros estamos compuestos también de bacterias, hongos y virus simbióticos. Cada animal es un bioma, un conjunto de ecosistemas interactivos

De hecho, nuestro vínculo con los microorganismos es tan profundo, que nos convertimos en el ecosistema donde viven, mientras ellos influyen en nuestro desarrollo, salud e incluso comportamiento.

Para la ecóloga microbiana y académica de la Universidad de Antofagasta Cristina Dorador, “el holobionte nos invita a pensar en distintas magnitudes. Pareciera que lo microscópico y lo inmenso no conversan, pero en realidad sí”. Así lo ha revelado el avance tecnológico. “El gran paso fue en la década del 2010 con las técnicas de secuenciación masiva de ADN, porque se descubrieron grupos microbianos completos que eran invisibles para las técnicas clásicas. Además, el Proyecto Microbioma Humano dio a conocer la diversidad microbiana en el cuerpo humano, echando por tierra algunas teorías que había en ese entonces”, agrega.

Humano microbiano

Quizá el ejemplo más conocido es la microbiota intestinal, la comunidad de microorganismos que nos permite degradar alimentos y que es clave para nuestro sistema inmune.

“Desde el punto de vista anatómico, aproximadamente la mitad de las células del cuerpo humano son microbianas. Además, cada especie de microbio no está asociada a nosotros al azar, sino que se encuentra en lugares concretos. Recibimos estos microbios al atravesar el canal del parto. Son regalos de despedida de nuestra madre. Estos microbios colonizan nuestro cuerpo, especialmente nuestro intestino, y ayudan a terminar nuestro desarrollo”, detalla Gilbert.

Como es de esperar, los microbios también juegan un rol en enfermedades que van desde la depresión hasta el cáncer. En efecto, los tumores tienen un microbioma asociado y la presencia de estos microorganismos explicaría por qué algunas personas son más sensibles a inmunoterapia.

En otro ámbito, hay estudios que muestran que el reemplazo de bacterias en el intestino ayudaría a disminuir el comportamiento de tipo autista en ratas. Dorador, quien participó en una investigación sobre autismo y microbiota, cuenta que “se ha reportado que alrededor del 40% de las personas en el espectro autista tienen algún problema gastrointestinal. Se ha determinado que ocurre un enriquecimiento de ciertos grupos de bacterias. Quisimos encontrar un modelo para explicar si este cambio a nivel microbiano, que no sabemos cómo ocurre, está generando unos metabolitos o productos que alteran de alguna forma la función neuronal”. Claramente, hay mucho por desentrañar aún.

Equipo más que individuo

El holobionte genera nuevas características morfológicas, fisiológicas, inmunológicas, entre otras, que no existen en las especies por separado.

El ejemplo favorito de la entomóloga Constanza Schapheer son los insectos que reciclan nutrientes, como las termitas. “Estos animales albergan en su sistema digestivo microrganismos como bacterias y protistas que contribuyen a que la termita absorba nutrientes que de otra manera no podría. La adquisición de simbiontes intestinales fue clave en la evolución de estos insectos. Ejemplos similares hay muchísimos en la naturaleza, dentro de los más paradigmáticos están los líquenes y corales”, precisa la también investigadora postdoctoral de la Facultad de Ciencias Agronómicas de la Universidad de Chile.

Las vacas, en tanto, comen hierba, pero su genoma no produce enzimas capaces de digerir la celulosa u otros compuestos de su alimento. La buena noticia (para ellas) es que sus microbios simbióticos, ubicados en su rumen, se encargan de procesar lo que estos mamíferos no pueden.

«Lo que consideramos un ‘organismo’ es, en realidad, un conjunto de organismos integrados. Por ello, científicos y filósofos cuestionan la existencia del ‘individuo’ como lo entendemos usualmente

Además, algunos cambian cuando adquieren nuevos microorganismos. El biólogo estadounidense ejemplifica con el escarabajo rojo de la trementina: “Es una plaga menor en Estados Unidos, donde sus hongos simbióticos excavan agujeros en los árboles dañados. Sin embargo, cuando se exportó accidentalmente a China, el escarabajo obtuvo un nuevo conjunto de hongos simbiontes que le permitieron hacer agujeros en árboles sanos, matándolos”.

O sea, lo que consideramos un “organismo” sería, en realidad, un conjunto de organismos integrados. Por ello, científicos y filósofos, como Gilbert y sus colegas, han cuestionado la misma existencia del “individuo” como lo entendemos usualmente.

“Hemos evolucionado para esperar estos microbios simbióticos y sus señales. Así que cada uno de nosotros funciona como una comunidad o un equipo. Solo somos individuos en la medida que una comunidad se diferencia de otra comunidad o un equipo se diferencia de otro equipo. Yo soy el Equipo Scott Gilbert”, señala el científico, quien también ha participado en el libro Microhabitable.

Su importancia en la naturaleza

Entendernos como holobiontes no solo tiene implicaciones para nuestra salud, sino también para el medio ambiente.

Los seres humanos solemos conservar a especies o ecosistemas por separado, sin preocuparnos de mantener las relaciones y ciclos que sostienen los organismos en conjunto. Un bosque o desierto no pueden sobrevivir sin los vínculos que tejen sus macro y micro habitantes.

Esto inspiró a Schapheer junto a otras colegas a proponer el concepto de “holobionte ecosistémico” que se refiere a un holobionte que lleva a cabo procesos ecológicos clave para la conservación de la naturaleza.

«A ese fenómeno le llamamos propiedad emergente, ocurre gracias a un holobionte y es parte de un proceso ecosistémico clave. Nuestro planeta tiene sus condiciones gracias a estos procesos, es vital mantenerlos

Constanza Schapheer, entomóloga, Ciencias Agronómicas de la Universidad de Chile

Volvamos a las criaturas que descomponen materia orgánica, labor fundamental para tener suelos sanos que sostienen, por ejemplo, la agricultura. Si la degradación de dicha materia estuviera a cargo solo de microorganismos, sería muy lenta (debido a su diminuta talla), pero si poseen un compañero más grande —como un insecto— desarrollarán el proceso juntos con mayor rapidez y facilidad. Esto ocurre porque el animal, que los alberga en su tubo digestivo, tiene una mayor capacidad de desplazamiento y posee piezas bucales para fraccionar el material.

Schapheer explica que “a ese fenómeno le llamamos propiedad emergente, cuando esta propiedad ocurre gracias a un holobionte y es parte de un proceso ecosistémico clave, hablamos de un holobionte ecosistémico. Dentro de las razones por las que nuestro planeta tiene las condiciones que tiene es gracias a estos procesos, por lo cual es vital mantenerlos”.

Somos diversidad

Las crisis sanitarias, la pérdida de biodiversidad y el cambio climático son algunos de los grandes problemas que enfrentamos actualmente. Entre las múltiples consecuencias está la ruptura de las relaciones simbióticas, como la degradación de los suelos que priva a las plantas de sus hongos y bacterias simbiontes, o el aumento de la temperatura del mar que estresa a los corales, los que en respuesta expulsan a sus microalgas, detonando el blanqueamiento.

Asimismo, el uso desmedido de biocidas (como antibióticos o desinfectantes) aniquila microbios con los que hemos evolucionado.

Gilbert subraya que “ser un holobionte significa que somos producto de nuestro entorno de formas que antes no imaginábamos. Un entorno sano es necesario para individuos sanos. Esto significa que el entorno debe ser sano para los microbios que necesitamos para que nuestro cuerpo funcione, así como para los microbios que ayudan a formar las plantas que comemos”.

Por ello, pensar en “modo holobionte” podría aportar tanto en la comprensión de los fenómenos como en posibles soluciones.

“Para la conservación de especies, más que conservar el individuo, deberíamos enfocarnos en conservar unidades funcionales, es decir, al conjunto de seres que componen al holobionte. De esa forma se consideraría a los organismos y procesos ecosistémicos para que el planeta siga funcionando”, asevera Schapheer.

Pero para Dorador también hay una lección de humildad: “Somos un ecosistema, donde también es importante compartir y cooperar. La simbiosis masiva que existe en el planeta y los holobiontes abren caminos para entender problemas complejos y nos ayudan a posicionarnos desde la diversidad”.

FUENTE: DIARIO EL PAÍS – MATERIA / PAULA DÍAZ LEVI